就像N.E.S.T.S组织预料的一样，全球的恐怖事件正一轮接一轮的展开着。与此同时Heidern上校与他的部下觉得事情与K'，Maxima他们两人有关，并策划去调查他们。正当Heidern上校准备跟踪K'与Maxima时却得知令一场格斗比赛即将开幕，《KOF2000》争霸赛。世界各地的格斗家收到了邀请卡准备全力应战，但使他们万万没想到的是K'与Maxima也在队伍中。
此外，神秘组织N.E.S.T.S所发出的邀请卡意味着第二阶段的计划已经开始了。神秘组织N.E.S.T.S的行动是个巧合，又或者是……？只有时间才能证明这一切。就像暴风雨之前的平静，混乱即将开始！拳皇大赛又开幕了…… | 
